De 420,7 km de longueur1, elle prend sa source dans la Margeride à Chasseradès sur le Moure de la Gardille (1 503 m), en Lozère, et se jette dans la Loire au bec d'Allier, près de Nevers à la limite entre le Cher et la Nièvre dans les communes de Marzy, Cuffy et Gimouille. Elle reste l'une des dernières rivières encore sauvages d' Europe et recèle une faune unique (notamment les oiseaux). Le qualificatif « sauvage » signifie que la rivière est assez libre de faire des méandres ou de s'étaler largement en surface selon son débit ; par opposition, les rivières dites non-sauvages sont largement « corsetées » et contenues artificiellement dans un chenal qui les contraint à enfoncer leur lit verticalement pour créer des méandres indispensables à la régulation du débit. Cet enfoncement fait disparaître les zones humides en bordure des rivières. L'Allier est au contraire riche de zones humides côtières de faibles profondeur, de bras morts à certaines époques de l'année, de gravières, etc., permettant le développement naturel d'une faune et d'une flore riches.
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